Opera tarayıcısında web sitesini uygulama olarak masaüstüne ekleme özelliği mevcut bende bu şekilde kullanıyorum. Sanırım buna benzer bir uygulama yapıyorsunuz
Dediğiniz şekilde yapıldığında tarayıcının kendisi açılır buda Masaüstü Program hissiyatı vermez, bizimkinde direkt ayrı pencerede ayrı menü öğeleri olan program şekilde açılıyor. Demo sürümü inceleyebilirsiniz