Hocam anladığım kadarı ile değiştireceğiniz kullanıcıyı nasıl seçtireceğinizi bulamamışssınız. Yani kullanıcı b nin nasıl düzenleneceğini bulamamışsınız. Buradaki temel problem bir sütun yapısı oluşturmuş olmamanız.
Veri tabanı json tutulmadığı sürece sütun yapısına uygun olmalıdır. Verileri txt kaydederken 1:kullanıcıadi:şifre veya 1|kullanıcıadi|şifre gibi ilk baştaki satırın id olarak atamalısınız. ve daha sonra database işlemi yapar gibi o idye ait olan şifrei güncellemeniz gerekli aldığınız veriyi php de explode ederek parçalara ayırabilirsiniz.

Txt tutup bunu böyle yapmmak yerine json encode decode ederek array kullanmanız daha güzel olacaktır.