Hocam o halde o programın screen'lik bir durumu yok bence, PuTTY'e girip çıkmadan program çalışıyorsa ve rebootta bile gitmiyorsa sorun; programı PuTTY'de ön yüze getirip TTY'sini kapatmanızdır hocam.
Bunun çözümü de programın tipine göre değişiyor, bilgi lazım.