Öncelikle fxml dosyalarını resources ın altına taşıyıp aşağıdakileri yapıp dener misin?
Ayrıca Hello butonuna bir id ver.
<Button fx:id="helloButton" onAction="#clickHello" text="Hello!" />
sonra bu id yi HelloApplication .java da tanımla.
@FXML
private Button helloButton ;
ve aşağıdaki kodu dene.
public void clickHello(ActionEvent e) throws IOException {
Parent root = FXMLLoader.load(getClass().getResource("/deneme.fxml"));
Stage window = (Stage) helloButton .getScene().getWindow();
window.setScene(new Scene(root,320,240));
}