Öncelikle ck editörün dosyaları içindeki config.js i açmalısınız.
config.allowedContent = true;
Eğer bu true ise kapatmalısınız. Özel html ekleme izni.
Ardından config.toolbarGroups içindeki html menüsünü silmelisiniz.
Ayrıca back end tarafında script tagını silebilirsiniz. Sayfaya kodu getirirken de yorumlamadan direkt text şeklinde getirebilir veya bir iframe oluşturup onun içinde çalıştırabilirsiniz.