VDS'te kaynak atanmıştır, donanımda bir arıza çıkmıyorsa o kaynak tamamen sizindir ama eğer VPS ise o zaman dediğiniz olabilir.
Bunu firmanıza sormalısınız hocam, akşam belli cronjoblar vb. vb. çalışıyor ve siteye ağır yük bindiriyor olabilir; optimizasyonlarınız yetersiz kalıyor olabilir vb.