Büyük ihtimal sunucuda shell var. Bundan dolayı aynı dizindeki sitelere kolayca erişip hackleyebiliyorlar. Eğer sunucuda mass deface koruması yoksa yani saldırganlar sunucuda root yetkisine sahip olurlarsa diğer 17 siteyi de hacklerler.

Sunucunuzu değiştirmenizi öneririm. Saldırganların nereye kadar eriştiğini bilmiyorsunuz, incelemeden bir şey söylemek zor. 17 siteye erişim sağlamadıklarına eminseniz farklı sunucuya taşıyın. 3 siteyi de detaylı şekilde inceleyip shelli bulup temizledikten sonra taşımanızı öneririm. Hacklenmeyen 17 siteyi farklı sunucuda izole etmeniz daha mantıklı. Üstte belirttiğim gibi sunucuda root yetkisine erişirlerse 17 siteyi de hacklerler.