Kodunu şu şekilde güncelledim, onaylama işlemini bu sayfaya göndermeden yapıp veyahut burada swaldan onay aldığında başka bir endpointte sildirmeyi yapmalısın. Sen hem front end üzerinde php çalıştırmayı denemişsin, hem quote'lere dikkat etmemişsin.

    <?php if (isset($_GET['sil'])){ ?>

    <script>
            Swal.fire({
                title: 'Are you sure?',
                text: 'You wont be able to revert this!',
                icon: 'warning',
                showCancelButton: true,
                confirmButtonColor: '#3085d6',
                cancelButtonColor: '#d33',
                confirmButtonText: 'Yes, delete it!'
              }).then((result) => {
                if (result.isConfirmed) {
                  Swal.fire(
                    'Deleted!',
                    'Your file has been deleted.',
                    'success'
                  )
                 //buradan başka bir endpointe istek atmalısın (muhtemelen /deleteSomething/{id} tarzında bir endpoint işini görür), çünkü html'de php çalıştıramazsın.
                }
              })
            </script>";
    <?php }  ?>