Şurada bir aksiyon almanız lazım ancak "var" yazdırıp döngüye devam ediyorsunuz;

// koşul içinde ya döngüyü sonlandırıp yönlendirme yapın ya da başka bir şey;
if($kontrol > 0)
{
    echo "Var!.";
    break; // döngüyü sonlandırır
}

veya aşağıdaki kontrolü tamamen kaldırın;

$beyannameSay = $db->prepare("SELECT * FROM  musteri_beyanname_takip_aylik WHERE beyanname_id = ?");
$beyannameSay->execute(array($beyanname_id));
$kontrol = $beyannameSay->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if($kontrol > 0)
{
    echo "Var!.";
 }

ve siparissor sql sorgunuzu şununla değiştirin;

SELECT * FROM musteriler AS m
LEFT JOIN musteri_beyanname_takip AS mb
     ON mb.musteri_id = m.musteri_id
WHERE
    gorunurluk = 0
        AND
    NOT EXISTS
        (SELECT * FROM musteri_beyanname_takip_aylik WHERE beyanname_id = mb.beyanname_id)

sorgu musteri_beyanname_takip_aylik tablosunda beyanname_id ile eşleşmeyen kayıtları döndürür. dolayısıyla döngü içinde ekstra kontrol yapmanıza gerek kalmaz.

kolay gelsin.