Selamlar,

Büyük ihtimal IPSEC vpn yapıyorsunuz ve sunucunun ip adresi vpn e bağlandığınız değiştiği için sizi RDP' den atıyor. SSL vpn kullanabilirsiniz yada vpn yaptığınız yerde firewall gibi bir cihaz varsa azure ile kendi ortamınızı site to site vpn ile bağlayarak vpn client ile uğraşmadan iki network ü birbiri ile haberleştirebilirsiniz.