Veritabanında dobule veri değişkeni kullanıyorsanız binlikler için ayraç kullanamazsınız. Kullanıcıdan;

number_format($userValue, 2, ',');

Şeklinde alırsanız 12601,00 olur. Yine de buna ihtiyacınız yok veritabanına tamsayı gönderdiğinizde zaten .00 ekleyerek kaydeder double için.