Açtığınız alt klasörü subdomain olarak kullanmanızda bir sakınca yoksa kontrol panelinden subdomain oluşturup, bir dener misiniz? Eğer ana dizinde çalışıyor ve fakat alt klasörde çalışmıyorsa hostingden değil, yazılımdan kaynaklı bir durum olduğunu düşünüyorum. Subdomain haline getirip yeni bir ana site gibi yazılıma gösterip, denerseniz sorun düşündüğüm gibi mi anlarız.