bu verileri JSON türündeki bir sütunda saklayın. [12,89,78] gibi daha sonra mysql'in kendi bünyesinde bulunan json search fonskiyonları ile sorgulama yapabilirsiniz. JSON_SEARCH, JSON_CONTAINS vb inceleyebilirsiniz.

https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0...functions.html