Normal şartlarda istediğinizi FIND_IN_SET ile yapmalısınız. Ancak ben size tablo yapınızı değiştirmenizi öneririm.
$sql = "SELECT * FROM tablo_adi WHERE FIND_IN_SET('54', masalar) OR FIND_IN_SET('36',masalar) OR FIND_IN_SET('25', masalar)";
sizin örneğinizde id sayısının toplamı 3 ise bu olabilir ama multiselect de id sayısının toplam ne geleceği belli olmayacağı için bu işe yaramaz diye düşünüyorum.
ayrıca tablo yapısını değiştirmekten kastınız tam olarak nedir yani nasıl birşey öneriyorsunuz.