Yanıtla butonuna bir link verirsiniz örneğin /yorum?yanit_id=10 GET'ten gelen yanit_id'ye göre veritabanına kayıt edersiniz.
Yorum ile foreach döndürdüğünüz gibi her yorumun altına da alt yorumları foreach içerisine alırsınız. Bu kadar, gayet basit.

Tasarımsal olarak ise form action linkini yukarıda verdiğim GET kısmı ile yaparsınız. Javascript gizle göster diye aratırsanız çıkacaktır karşınıza, yanıtla butonunun altına bir textarea eklersiniz yanıtla butonuna basıldığında gözükür.