Olur. Çünkü HTML kodu olarak değil Javascript olarak çıktı alıyorsun.
Örneğin kodun içinde

<b>test</b>

eklendiğinde şu şekilde çıktı sağlıyor:

<script>document.write(unescape('%3c%62%3e%74%65%73%74%3c%2f%62%3e'));</script>

Evet HTML kodunuzu şifreliyor ama JS olarak çıkartıyor. Zaten SEO için istiyorsan saçma değil mi? Ne kadar şifrelenirse şifrelensin (encode) çalışması için HTML olması gerek ve HTML öğeyi denetle deyince gözüküyor. İlginç bir istek.