Aslında bu kolayca çözülebilir.
Yazıların XML yedeğini ve upload klasörün yedeğini alın.
Wordpress silip yeniden kurun XML yedeği import edin upload klasörünü yükleyin site geri geliyor. Hiçbir eklenti kurulmamış oluyor ve database tamamen temizleniyor, databasede sadece içerik yer alıyor.
Bu yöntemin kötü yanı eklentileri tekrar yüklemek ve ayarların yapılandırması gerekiyor. Bu da eğer çok fazla eklenti kullanıyorsanız sorun ama artık eklentilerin birçoğunun ayarları dışarı aktar özelliği olmasıyla çözülebiliyor.
Mesela ls cache ayarları içeri aktar tek tuşla yapılabiliyor.

En önemlisi az eklenti kullanmak ve her bulduğumuz eklentiyi yüklememek gerekiyor.
Siteyi kurunca kullanacağımız eklentiler belli ise sadece bunları kullanmalı ve sonrasında her duruma karşı site yedeği almalıyız.

Çözülebilecek bir durum bu çok dert etmemek lazım.
Plugins Garbage Collector (Database Cleanup) diye bir eklenti var eklentiler silindiyse kullanılmayan tabloları gösteriyor ve bunları direk silebiliyorsunuz bu da alternatif daha basit bir yöntem.

Bu arada bazı eklentiler istatistik tutar. Mesela ben bir ara ThirstyAffiliates kullanıyordum aslında hala kullanıyorum.Eski sürümlerde link yönlendirme istatistiklerini tutuyormuş ve 1gb olmuştu mysql yani bazen kullandığımız eklentilrin bazı özellikleri de mysql şişirebiliyor. Sonrasında tabloları phpadminden silmiştim.

Eklentileri iyi araştırın kullanmadan önce ama dediğim gibi en basit çözüm ilk yazdığım. Site sıfır kurulum gibi oluyor.