Host konusunda fikir beyan etmem yanlış olur. Sonuçta forumda bir sürü host sağlayıcı var. Ayrıca bu sizin projenizin kapsamı ve boyutuna göre değişiklik gösterecektir.
Başka bir yöntem geldi aklıma. php.ini içerisinde bulunan include_path parametresinide kullanabilirsiniz.
Örneğin root yetkisi sizde olan ancak müşteriye kullanıcı yetkisi verdiğiniz bir sunucu olsun, (neden verirsiniz bilmiyorum)
Bu sunucuda normal kullanıcının okuyamayacağı bir klasöre yazdığınız sistem tarafından kullanılacak dosyaları atıp, php ayar dosyasında bulunan include_path parametresine bu klasör adresini ekleyin. "include" fonksyonu bu klasöre de bakıp sizin gizlediğiniz dosyaları include edecektir. Kritik fonksyonları bu şekilde nispeten gizleyebilirsiniz.
Çok kullanılan bir yöntem değildir, ama bayağı kafa karıştıracağını düşünüyorum.