Birinci yol
[NotMapped] koyabilirsin başlarına

public abstract class EntityBase
{
public virtual int Id { get; set; }
[NotMapped]
public virtual bool Active { get; set; }
[NotMapped]
public virtual bool IsDeleted { get; set; }
}

ikinci yol ? işareti koyarak null olabilirlik yapabilirsin.
public abstract class EntityBase
{
public virtual int Id { get; set; }
public virtual bool? Active { get; set; }
public virtual bool? IsDeleted { get; set; }
}

Kolay gelsin...