bir yaşıma daha girdim

www kullanmanın seo açısından hiç bir eksiği yok, yapmayın nolur =) google kendi ve youtube gibi servislerinde dahi www lu kullanıyor, facebook gibi devlere, seo kelimesindeki öncü ajanslara bakın.
ayrıca google www lu ya da wwwsuz backlinki ayırt edecek ve değerlendirebilecek zekada.
arkadaşın dediği gibi iki farklı kullanım da olmuşsa doğru canoncial ve htaccess yapısı olduktan sonra bir sorun yok.