Belirtilen sayıda başka işaretleme yok ise (.) (,) aşağıda ki kod işinizi görecektir. 1000'delik ayracı gibi durumlar var ise regex ile çözümlenebilir.

$miktar = str_replace('.', '<i>.', $miktar) . '</i>';

<?php $miktarex = explode('.', $miktar);
echo $miktarex[0].'.<i>'.$miktarex[1].'</i>'; ?>

en basit haliyle bu şekilde yapılabilir. Explode ile noktadan parçalayıp yazdırıyorsunuz.