Multisite subfolder yaparsan sistemi yavaşlatma ihtimali var. Multi site subdomain' in normal bir subdomainden pek farkı zaten yok. Kısaca özetlersek, multisite subfolder tavsiye etmem. Subdomain için Multi site olup olmamasının bir farkı olmayacak. Ek bir not olarak Seo açısından güçlü olsun diyorsanız subfolder daha iyidir.