php de virgül ile küsürat ayrımı olmaz, nokta ile olur girilen değeri , binler basamağı nokta ile ayrılıyor ise silmeniz , ondalık kısmını da virgül ile ayırıyor iseniz nokta ile değişmeniz gerekmektedir.

1.250,55 => 1250.55 şeklinde

    $tutar  =  '1.250,55';
    $find   = array(".", ",");
    $change = array("", ".");
    $result = str_replace($find, $change, $tutar);