Merhaba,
Yukarıda arkadaşlar yazmış zaten zarar gören bir dosya yok sadece işletim sisteminin dosyalarını mevcut yerinden farklı yere taşımızsınız. Sunucuya 2. bir disk takıp ona aynı işletim sistemini kurun. Ardından şuan ki diski takın /dev/sda2 yada sda1 olacaktır adı vb. onu da bir klasöre mount edin örneğin mount /dev/sda2 /yedekdisk gibi diskin tüm dosyaları /yedekdisk klasörüne gelir FTP den dosyalarınızı çekersiniz.
Evet çok şükür zarar görmemiş dosyalar. Belirttiğiniz gibi sunucuya yeni bir disk takılarak sıfırdan kurulum yapıldı. Eski diski mount edip haber vermelerini bekliyorum. Ardından siteler yeni diske taşınacak.