öncelikle psr standartlarına göz atabilirsin. (https://www.php-fig.org/psr/ - http://www.erbilen.net/etiket/php-psr-nedir/ )
ardından spagetti'den kurtulmak için basit bir mvc yapısı oluşturabilirsiniz. (github'da birçok simple mvc örneği mevcut)
bunlarla hiç uğraşmak istemiyorum derseniz de "eğer bilginiz var ise" framework ortamında geliştirme yapabilirsiniz. (laravel, symfony, phalcon önerebilirim. )