Evet yeni url ler indexlenir büyük ihtimalle. Kalıcı olarak kaldırmak için anasayfaya hiç bir işlem yapmayın diğer tüm url leri silin sayfalar 404 e düşecektir. 404 e düşen url leride google tekrar indexlediğinde arama sonuçlarından kaldıracaktır veya anasayfa hariç tüm url lere no-index ekleyerek arama motorlarının taramasına engel olabilirsiniz.

Benim tavsiyem geçmişi olmayan temiz bir domainle yeni başlangıç yapmanızdır.

3K indexin arama sonuçlarından kaldırılması biraz zaman alır. 3K index çok büyük bir rakam. Bu sitenin aldığı backlinklerde vardır hem içerik kaldırdığınızdan hemde baclinkleri olduğundan sıralamada ciddi bir anlamda düşüş yaşayacaktır bunun toparlanması aylar sürer. Siteyi farklı bir alanda kullanacağınızı söylemişsiniz. Bu işlemleri yapsanızda geçmişi temiz veya geçmişi olmayan yeni bir domainin yerini tutmaz.