Proje ve teknik altyapı hakkında biraz daha detay paylaşır mısın?
Mesela herhangi bir framework kullanıyor musun?
Kodlar nerede çalışacak? AWS vs gibi bulutta mı yoksa hostingde mi?

Yinede kabaca bahsetmek gerekirse

Bahsettiğin sistem multi-tenancy olarak geçiyor. Bu terim ile araştırma yapabilirsin.
Laravel veya composer kullanan bir yapın varsa bu işi otomatize eden paketlerde var, onlar işini çok kolaylaştırır.

Eğer yoksa, database bağlantını dinamik yaparak çoklu database yapısını oluşturabilirsin.
Burada ekstradan merkezi bir database olması gerekir.Bunuda giriş sayfası için kullanırsın. User bilgilerin bu merkezi yerde de durur ve login işlemini buradan kontrol edersin.
Kullanıcı hangi pastaneye aitse o pastanenin db bilgisi ile çalışmaya başlar sistem.


Burada çözmen gereken birkaç konu, yeni pastane eklerken yeni db oluşturman gerekecek.
DB de değişiklik yapman gerektiğinde tüm DB lerde aynınısı yapman gerekecek. (Laravelde migration ile çok kolaylaşır işin. )
vs