Ddos saldırısını normal bir hosting paketi zaten kaldıramaz cpu kullanımınız kullandığınız işlemci load seviyesini geçik olurdu ve siteye erişmekte zorlanırdınız. Bunların haricinde cpanel özellikleri veya eklentileri ana işlemcinin ayrılan kısmından cpu yer size ayrılan cpu değerini etkilemez.

Söylediğiniz değerlerde akla gelen şeyler
1- Zamanlanmış cron işleri çalışırken site cpu kullanıyor olabilir
2- Sitenizde bir virüs yine komut çağırıyor olabilir
3- Siteniz iyi optimize edilmediği için veya Hosting kötü olduğu için ziyaretçi geldiğinde çağrılan veritabanı sorguları dönerek load yükselmesine sebep oluyor olabilir

Ayrıca Türkiye de hosting firmalarını genelde insanlar tamamen ya reklam amaçlı ya da sırf desteklerini beğendikleri için bilgisizlikten öneriyor. Bu yüzden böyle sonuca varmanız hata olur.