sayfaya bakmadım ama her şeyi multiple upload edebilirsiniz.
yalnız işin büyük bir kısmı javascript ile yapılıyor
canvas özelinde ise javascript jquery ile

var _data = [];
$.when($('.canvasClass').each(function(){
_data.push($(this)[0].toDataURL());
})).then(function(){
$.post('upload.php',{action:'upload',canvaslar:_da ta},function(response){
//upload response;
},'json');

});

canvasClass ında sahip tüm elemanları dataurl sini _data array ına ekledik daha sonra bu arrayı de bir değişkene tanımlayarak upload.php sayfasına gönderdik
daha sonra da php tarafında $_POST['canvaslar'] olarak gelen array i
döngüye sokup her birini imagecreatefromstring ile tekrar imaj a dönüştürüp kayıt edebilirsiniz.

$.when ve $.then kullanımızdaki amaç canvasclass eachı bittikten sonra $.post işlemnin yapılması, kullanılmadığı taktir tüm elemanların değişkenen eklenmeme durumları olabilir.