Ne yazık ki işe yaramadı.
Alt sorgu doğru geliyor bana. Where kısmını silerek düz arattığımda sonuçlar normal bir şekilde geliyor. Bu tip bir sorguyu nasıl debug edebiliriz?
Çıktı SQL şu şekilde:

SELECT
`id`,
`karttipi`,
`ad`,
`soyad`,
`faturaunvani`,
`tckimlikno`,
`pasaportno`,
`verginumarasi`,
`statu`,
`statuneden`,
`aktif`,
`kontrol`
FROM
`musteriler_musteriler`
WHERE
EXISTS(
SELECT
*
FROM
`musteriler_epostalar`
WHERE
`musteriler_musteriler`.`id` = `musteriler_epostalar`.`musteri_id`
GROUP BY
`eposta`
HAVING
COUNT(id) > 1
) AND `musteriler_musteriler`.`deleted_at` IS NULL
ORDER BY
`id`
DESC
LIMIT 100