Paket adını değiştirmek için app içinde bulunan build.gradle dosyasından "applicationId" değiştirmeniz yeterlidir.
Daha kapsamlı bir değişiklik yapmak istiyorsanız projenizi yeni bir projeye taşımanız daha sağlıklı olacaktır. app/src/java klasörünün adının değişmesi, java dosyalarının içinde bulunan importların ve AndroidManifest değişmesi için yeni projeye aktarmak daha sağlıklıdır.