Şöyle hızlı bir çözüm buldum.

woocommerce/single-product/add-to-cart/variable.php:185

satırında aşağıdaki kodları görmen lazım. Bu kodun içine </div> 'den önce whatsapp buton kodunu ekle (html)

Ama woocommerce güncellendiğinde eklediğin kod silinebilir emin değilim. Önce bir yap istediğin gibi olsun. Sonra function kodu ile ekleyebilirsin (bunun için ayrıca bir post açman lazım)

        <div class="single_variation_wrap">
<?php
/**
* Hook: woocommerce_before_single_variation.
*/
do_action( 'woocommerce_before_single_variation' );

/**
* Hook: woocommerce_single_variation. Used to output the cart button and placeholder for variation data.
* @since 2.4.0
* @hooked woocommerce_single_variation - 10 Empty div for variation data.
* @hooked woocommerce_single_variation_add_to_cart_button - 20 Qty and cart button.
*/
do_action( 'woocommerce_single_variation' );

/**
* Hook: woocommerce_after_single_variation.
*/
do_action( 'woocommerce_after_single_variation' );
?>
</div>