Merhaba, ilgili sorunlar devam ediyor mu? MySQL sorunları genelde eski sürümler ve karakter kodlaması kaynaklı olabiliyor. Gerçi bu hataya önceden denk gelmedim sanırım biraz kafamı karıştırdı. İncelemek lazım.

Edit: MySQL aktarım öncesinde bir önceki MySQL'e yüklü veritabanlarının incelenmesi gerekiyor. Ardından sunucu da zaten sizde olduğu için ROOT yetkisi de olacaktır. Dolayısıyla SSH ile yüklemek daha makul olacaktır.

Aslında site sayısının önemi yok. Karşı sunucudan hızlıca veri çekilip aktarma yapılabilir. Site sayısı fazlaysa, tek yoracak şey bir sürü hesap açmak olacaktır. Ama az ise, üstesinden gelinecek bir konudur.