Merhaba,
CloudFlare DNS Servisi olduğundan dolayı alanadı içerisindeki tüm klasörlere etki etmektedir. klasör bazlı maalesef yapamazsınız.
ama sub domain oluşturup CloudFlare üzerinde DNS Only yaparsanız sub domain CloudFlare korumasından ayrılmış olur.
Rules menüsünde yapılan ayarların bahsettiğimle alakası yok dğeil mi?