Özel yazılımlarda her kişinin kendi düzeni olduğu için ilerde geliştirmeye veya düzenlemeye çalıştığınızda uğraştırır bu durum. Laravel gibi modern frameworklerden birisiyle yapılırsa daha sağlıklı olacaktır. Ancak anlaştığınız kişiden dosya düzenine dikkat etmesini ve dökümantasyon çıkartmasını isterseniz düz php ile yazılmasının dezavantajı çok olmayacaktır. MVC (ORM) kullanması sürdürebilirlik oluşturur. Bunlar sağlanırsa düz php ile yazılmasının bir sakıncası sizin açınızdan pek olmayacaktır.