MongoDB için Mongoose kullanmanızı öneririm. Daha kolay yönetirsiniz.
https://mongoosejs.com/
Ayrıca db içinde collection yoksa o db compassta görünmez.
Aslında zaten mongoose kullanıyorum. Eskiden sqlite3 kullanırdım nodejs projelerinde son zamanlarda mongodb ünlü olmus merak edip baktimda yapamadim.