aşağı yukarı tüm varyant sistemleri kullandığınız yapıya benziyor zaten. bu yapıyla devam edin bence.

products tablosu ürünleri tutmak için.
skus tablosu kod, stok ve fiyat tutmak için.
variants tablosu renk, beden, hafıza gibi varyant isimleri tutmak için.
variant_options tablosu sarı, mavi, kırmızı gibi varyanta ait özellikler için.
sku_values tablosu da her varyanta ayrı stok kodu, stok miktarı ve fiyat tanımlayabilmeniz için var.