Özel yazilimsa mysql sorgularini olabildiğince temiz yazin. Index kullanin. Server timeout suresini yukseltin. Ornek inner join kullanimi ic ice sorguya gore daha yavastir. Mysql bu tarz sorgulara elverisli olmuyor. Mongo db ve node js ile daha iyi perfirmans alirsiniz.

Birde 5 dk da bir olusan cronlar sorguyu bitirmeden yeni sorgu oluaturuyor olabilir buda sebep olabilir