Merhabalar,

Tüm subdomainlerin .htaccessi aynı mı olsun istiyorsunuz? public_html dışına bir dosya oluşturun " tum_subdomainler" gibi sonra subdomain oluştururken yolunu orası olarak gösterin. Zaten public_html dışında olacağı için orneksite.com/tum_subdomainler gibi gözükmez.
hemde tüm subdomainler bir klasör içerisinde olur. Umarım anlatabilmişimdir.