Tam anlamadım ama 2. kısımda karakter olarak okuyorsunuz sanırım. Bunun yerine satır olarak okuyabilirsiniz

int satirSayisi = 0;
try {
File myObj = new File("filename.txt");
Scanner myReader = new Scanner(myObj);
while (myReader.hasNextLine()) {
liste.add(myReader.nextLine();
satirSayisi++;
}
myReader.close();
} catch (FileNotFoundException e) {

}
sout(satirSayisi);