hocam bir çok arkadaş wordpress demiş siz inatla özel yazılım demişsiniz ama kimse pek takmamış dediklerinizi.
Öncelikle şunu belirteyim shell sebebini bir çok nedeni olabilir. Bu hosting firmasından kaynaklı olabilir, kullandığınız yazılımda açıklar olabilir, şifreniz ele geçmiş olabilir, pc nize trojen truva atı bulaşmış olabilir, vs vs vs bunun için onlarca neden sayarım.
Bu arada Cloudflare ddos gibi vb. saldırıları önlemek içindir. Shelli vs. engellemez. (Bilenlere duyrulur )
Diğer bir konuda yukarda nedenleri saydım wordpress de 4 4 luk değildir açıkları vardır ama bir site shell yiyince illa wordpress olduğu için yediğini göstermez.
Gelelim hocam size öncelikle geçmiş olsun. Sizden de özür dilerim biraz sert yaptıysam sertim size değil işi bilip de bilmeyenlereydi.

Hocam eğer özel yazılımsa varsa eski bir yedeği host firmanıza diyin tamamen silsin yeniden sıfır bir host sağlasın size. Eğer bir yedek yoksa ftp de tek tek tüm dosyaları kontrol edip tek tek sileceksiniz başka yolu yok. İşin kısacası bu hocam.