Silmiş olsanız da izi kalabiliyor. Sanırım bundan kaynaklı. CPanel üzerinde antivirüs gibi yazılım mevcut mu? İsterseniz onunla tarama yapın. Daha bilgili arkadaşlar yardımcı olacaktır.
Silindiyse silinir. Çok fazla bulaşma lüksü olmaz eğer bir shared hosttaysa. Bazen firmalar gerekli PHP komutlarını kapatırlar. İçerisinde Shell olsa bile çalışmaz. Null kısımlarda da sadece lisans anahtarı istediği yeri siliyorlar. Pek bir fark yok.