Hiçbir sorun olmaz ama şahsen subfolder'da hoşuma gitmeyen şöyle bir durum oluyor; subfolder adını forum yaparsam, bölümlerin URL'leri şöyle oluyor ve hiç sevmiyorum böyle olmasını: siteadresi.com/forum/forums/deneme-forumu.123/

O yüzden eğer imkânım varsa subdomain'e kuruyorum ama sorunuzun yanıtı; dediğim gibi hiçbir sorun olmaz. İster root ister subdomain ister subfolder olsun istediğiniz her yere kurabilirsiniz.