Şöyle deneyin hocam (hesaplamaları paranteze aldım)
Spagettiyi unuttum sayılır, şuan mobildeyim pcye geçince bakarım tekrardan

    $sorgu = $baglanti->exec("UPDATE users SET (m_ref_c = m_ref_c + 1) WHERE id= '.$gecmisuser_used_ref.' ");
    $sorgu = $baglanti->exec("UPDATE users SET (ref_bakiye = ref_bakiye + 2) WHERE id= '.$gecmisuser_used_ref.' ");
    $sorgu = $baglanti->exec("UPDATE users SET (balance = balance + 2) WHERE id= '.$gecmisuser_used_ref.' ");

Eğer olmazsa m_ref_c sütununu üstte değişkende hesaplatınca query içine $m_ref_c olarak eklersen sorunun düzelir diye tahmin ediyorum.