Evet, sizinde dediğiniz gibi sitenizde dosyaların içinde virüs var. En iyi çözümleme olarak WordPress'in belli dosyaları orjinali ile değiştirip (ilk kurulumda olan) sonradan yüklenen tüm eklenti, tema, upload klasörü ile wp-config.php ile .htaccess içerisini manuel olarak kontrol etmeniz.

Bunun dışında sql tarafında da sorun olup olmadığını kontrol etmeniz gerekiyor. En iyi çözümle bu şekilde olacaktır.