Zaman alıcı olsada net çözüm için sizin yerinizde olsaydım siteyi temiz bir kuruluma geçirirdim. Her şeyi en baştan kurar sadece ayarları ve içerikleri export/import yapardım. Sorunun bu şekilde çok yüksek ihtimalle düzeleceğini düşünüyorum. Tabi sitenin boyutuna bağlı olarak sancılı bir süreçte olabilir bu.

Bir kaç yıl önce aynı sorun başıma geldi diyebilirim. Neredeyse 1 ay kadar optimizasyon, firma değişikliği, sunucu yükseltme ile vakit kaybetmiştim. Bir türlü çözüme ulaşamıyorduk. En sonunda sıfırdan kurulum yapma kararı verdim. Oldukça büyük bir siteydi ve yeniden kurulum çok sancılıydı ama bir kaç günlük çalışma sonucunda temiz kuruluma geçtiğimde tüm sorunlar ortadan kalkmış, Hatta sunucu masraflarından %50'den fazla tasarruf etmiştim.