Hocam gördüğüm kadarıyla işleri biraz karıştırmışsınız. Bana sunucuya root bağlantı bilgilerini ve kullanacağınız alan adını PM ile gönderin sizin için temiz bir kurulum yapayım. Malesef bu işlemler forum yazışmaları ile kolayca halledilecek şeyler değil.

Apache yerine nginx kullanmanızı öneriyorum. Yönetimi daha kolaydır ve az sistem kaynağı tüketir. Sunucuya nginx, php ve mysql kurayım (lemp paketi) rahatça kullanın.

SSL olarak letsencrypt kurabilirim.