SSL kurmak istediğinize göre kullanacağınız domaini sunucunun IP adresine yönlendirdiniz sanıyorum. Öncelikle domain için sunucu üzerinde virtual host oluşturmanız gerekiyor. Sonra ssl kurulacak. Tabi bu 2. bir domain host etmek istediğinizde işe yarayacaktır. Virtual host oluşturmadan da işlem yapılabilir.

O index dosyasına gelince, /var/www/html altında duruyor. İsterseniz silebilirsiniz ama sorun devam ederse tarayıcıda cache temizleyin sorun çözülür.