RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.domain1.com$ [NC]
RewriteCond %{HTTPS} !=on  
RewriteRule ^.*$ https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.domain2.com$ [NC]
RewriteCond %{HTTPS} !=on
RewriteRule ^.*$ https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]

Yukarıdaki düzenleme sonrası, SSL sertifikası olan domain1.com ve domain2.com https yönlendirmesi yapıyor. SSL'i olmayan diğer domainlerde https yönlendirmesi yapmıyor.

Daha doğru bir çözümü varsa bilen arkadaşlar paylaşabilirse sevinirim.